企业有了战略发展规划，企业内部的组织设置就要应主营业务而匹配，主要包括业务部门和支持作用的职能部门这两个部分。对于正处在发展期的企业来说，无论个人经营还是家族式管理企业，战略投资部和审计监察部这两个职能部门的设置都是非常必要的。企业经营者要知道仅凭拍脑袋决策，企业能够赢利的概率会越来越小，并且为了有效杜绝职务违规和企业中可能存在的腐败行为，这两个职能部门的设置都有价值和意义，这里只是提供一个建设性的意见，实际情况需要企业经营者自行把握。依据业务流程将职能分解是各部门设置的依据，但需要特别注意的问题是，企业内部部门与部门之间的职能衔接，同时，这也是造成工作推诿的主要根源所在。
企业管理制度、规范的设计制定，一定要显现出其对工作业务的指导意义，企业管理制度与规范不仅仅是制约和束缚，企业在这样的指导思想之下，组织和员工的创造性才能有基础和保障。
比如，上班迟到罚款。这句话是企业常见的制约性的制度，而“无缺勤记录将作为评选优秀员工的有效参考条件之一”就是指导性制度。
企业正确的组织设计是离不开组织理论的指导的。近代企业组织管理理论的形成和发展，企业经营者可以对这部分的内容进行了解，对自身企业的管理有所启发。
法国法约尔提出了管理过程的五个职能，即计划、组织、指挥、协调和控制。他把分工原理引入管理工作，主张设置专业管理职能机构；美国的泰罗则主张把“计划职能”（这一职能相当于现在所指的管理职能），同行为职能，即工人进行的生产操作相分开，进而改进管理机构的组织形式。法约尔将军队式的直线指挥制，同泰罗提到的这种职能管理制结合起来，进而既实行职能管理的专业分工，与此同时又保证了垂直指挥统一。
前文提到过，企业中人是组织的主体，企业组织机构由人组成并且靠人来运行。美国巴纳德第一个从人与人相互合作的角度来解释组织。他认为组织是两人以上有意识的协调和活动的合作系统。巴纳德的观点突破了从前把组织单纯看成一个权责结构的框框，他把组织结构的特性，进而同人类行为特性结合起来，这样来分析组织问题。由于把人的因素引入了组织设计，因而组织设计是静态的结构设计同动态的运行过程的结合，从而丰富和发展了组织设计的内容，也完善了组织结构设计的原理。在分析组织时加入人的行为因索，于是对劳动分工原则之上，肯定分工能够为企业提高效率的同时又指出了劳动分工越细致，就越需要与之相适应的激励和协调，这样，企业就更加需要加强信息交流，从而完善企业组织管理。
在企业组织的领导结构方面，要注意制定一定的规划。组织结构是组织内部各个组成因素相互联系、相互作用的方式或形式。而领导组织结构，则包括领导结构，是领导体制的一个组成部分，是其与企业系统内部各方面各因素的一定关系。现有的领导组织的结构一般有两种基本的关系：纵向关系与横的关系。前者是隶属的领导关系，后者是平行的各个部门之间的协作关系。
领导组织结构的组织形式大致分为线性结构、职能性结构、矩阵式结构及混合型结构。内容分别如下：
（1）线性结构。是传统的领导体制模式，这种模式表现为企业从上到下的，呈“金字塔”形的阶梯等级，其信息也只沿着垂直线自上而下传递。这样的管理模式的特点是系统内部关系一目了然、个部分职责明确且行动迅速，这样的模式有利于从体制上提高整体效率。鉴于以上特点，它适用于重复的、简单的低层组织。
（2）职能性结构。企业为了完成较为复杂的任务或为了完成一些特定的管理功能，成立某些具有职能性的专门性机构。在这个结构中，能够完成这项功能的所有人员、部门都归该机构管辖，并且领导人对职能范围内的所有人员和存在的问题负有全权。这样的长处是可以很有效地进行分门别类的专业化领导与管理，但是缺陷在于下级接到的指令太多，从而负担有时会过重，并且当指令之间存在矛盾和抵触时，下级很有可能无所适从。
（3）矩阵式结构。顾名思义，是按数学上的矩形方阵原理，而构建起来的领导体制。这样的结构又可以称为“规划—目标”的结构形式。这样的结构的特点在于，能够很好地将按职能划分的部门，与按项目划分的部门相结合起来。也就是说，在同一组织结构中，企业既有纵向的职能部门，又有横向的管理系统。这种管理结构在内部既具有严格的权限分工，又能给工作人员以最大的活动余地。但这种结构之中，每个成员大多都同时接受两个方面的领导，如产品项目小组负责人、职能科室主管等，因此，这样也很难协调，容易产生矛盾。
（4）混合型结构。这是一种线式结构的综合，这种结构以直线式结构为基础，整个领导层次当中，都计划设立了从事专业管理的职能部门，以此作为该级领导者的参谋部门。这种结构中，管理者按职能分工分别处理各类问题。这些职能部门由行政领导人批准下达可拟定的相关指令，职能部门本身并不具备直接指挥或者命令下级领导的权力。
事实上，在企业管理中，并不存在什么最好的管理结构，只有最适合企业本身的管理模式，这就要求企业经营者根据不同的企业环境，恰当地提出刚性结构、柔性结构，或者刚柔并济，根据不同程度的企业分权要求，甚至可以结合自身特点，设计出新的组织结构形式，其目的都是在于更好更加精细地管理企业，以使企业人员能够更好地领会企业发展战略，配合企业计划，完善企业管理。
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