昭宗复位后，第一时间便把刘季述等四人满门抄斩，同时诛杀了一大批党羽。紧接着，昭宗论功行赏，任命孙德昭为静海节度使、同平章事，并赐名李继昭。
昭宗虽然复位了，但这场政变仍然令他和宰相崔胤心有余悸。不久，崔胤就向昭宗提出，所有祸乱的根源皆因宦官掌握兵权，要彻底根除祸乱，唯一的办法就是把禁军兵权收回来，由宰相掌控。
这何尝不是昭宗的想法？可是，这件事却没有那么简单。因为在本朝，宦官掌控禁军的历史已经有一百多年，所有人早把这看成了天经地义的事情，绝不是说变就能变的。此外，从禁军本身的角度来讲，他们肯定跟宦官更为亲近，对文臣则没什么好感。因为一般而言，文臣总是比较讲究纲纪和原则的，这对禁军将士无疑会形成束缚。而宦官就不同了，除了利益，他们不会在乎任何东西。
所以，崔胤刚刚提出建议，立刻在禁军中引起了轩然大波，将领们纷纷发出强烈抗议。就连已经离开禁军的李继昭也站了出来，替昔日同僚向天子进言说：“我们世代从军，从没有听说把军队交给书生的！”
昭宗无奈，只好再次以宦官韩全诲、张彦弘分任左右中尉。
这两个宦官以前都当过凤翔监军，和李茂贞的关系非同一般。如今宰相崔胤跟宦官势同水火，韩、张二人势必要引李茂贞为援。而与此同时，跟朱全忠私交甚笃的崔胤则担心自己遭到宦官报复，当然也要以朱全忠为外援。
可想而知，在接下来的日子里，这两派势力必将要展开你死我活的斗争。而大权旁落、命若飘蓬的天子李晔，也必将在这样的恶斗中再度成为牺牲品。
在九世纪的最后几年里，中原的朱全忠俨然已经取代河东的李克用，成了天下势力最强的军阀。
自从文德元年（公元888年）消灭相邻的劲敌秦宗权之后，朱全忠就展开了大规模的扩张行动。首先，他把兵锋指向了东方，先是在景福二年（公元893年）消灭了盘踞徐州的时溥，接着又在乾宁四年（公元897年）吞并了郓州和兖州。随后，朱全忠又把目光转向了北方的河朔三镇。
光化元年（公元898年）五月，朱全忠渡河北上，攻取了李克用辖下的邢、洺、磁三州。同年十二月，李克用的部将李罕之以潞州投降朱全忠。光化二年（公元899年），幽州的刘仁恭南侵魏博，朱全忠援助魏博的罗绍威击退刘仁恭，从而将魏博纳入了自己的势力范围；随后又兵临镇州城下，逼降成德的王镕。光化三年（公元900年）十月，朱全忠又进攻定州，逼降义武的王处直。刘仁恭出动大军援救，被朱全忠击败，部众被杀六万多人，刘仁恭大势已去，只好向朱全忠臣服。
至此，河北诸镇全部归附朱全忠，李克用的右臂已被齐齐斩断。
紧接着，朱全忠又把目光转向了河中。
在朱全忠看来，只要再卸掉李克用这另外一条膀子，河东就是自己的囊中之物了。
流亡的路上没有方向
天复元年（公元901）正月，朱全忠突发大军，一举攻陷了河东的绛州和晋州，扼住了河东与河中的咽喉，随后大军直扑河中。
河中节度使王珂知道自己根本不是朱全忠的对手，慌忙向李克用发出十万火急的求救信，他的妻子在信中质问李克用：“女儿随时可能被敌人俘虏，父亲大人为何坐视不救？”李克用无奈地回信：“敌军扼守晋、绛，我军寡不敌众，如果我执意出兵，势必和你们一同灭亡。告诉王郎，倘若实在不能坚守，不如全族归顺朝廷。”
到了这个地步才让女儿女婿归顺朝廷，显然只是一种聊胜于无的虚幻慰藉。
二月，被打得毫无还手之力的王珂不得不向朱全忠投降。朱全忠随即将王珂全族迁到大梁，不久便将其诛杀。三月，朱全忠派遣大将氏叔琮率兵五万，自天井关出太行山，兵锋直指李克用的老巢太原；同时又调动魏博、成德、天平、义武等诸道大军，分别从新口（今河北武安市西）、土门（今河北鹿泉市西南）、马岭（今河北邢台市西北）、飞狐（今河北涞源县）、阴地（今山西灵石县西南）等方向出发，兵分六路，对李克用发起了总攻。
随后，氏叔琮一路攻城略地，以所向披靡之势逼降了河东的多员大将，于三月底兵临太原城下。
至此，李克用已经没有退路，只能背水一战了。随后的日子，李克用毅然离开帅府，亲自登城组织防御。当时正逢天降大雨，数十天内连绵不绝，城墙遭雨水浸泡后连连坍塌。李克用指挥士兵随塌随筑，多日衣不解带，连吃饭喝水都没有时间。
就在太原危在旦夕的紧要关头，老天爷救了李克用一命。
由于氏叔琮贪功急进，部众多日苦战，身体已经虚弱到了极点，加之连日大雨，很多士兵都感染了疟疾，战斗力大为削弱。此外，由于战线拉得太长，补给线又被大雨阻断，粮草已然不继。在此情况下，朱全忠不得不向氏叔琮下达了撤兵的命令。
李克用就此躲过一劫。
但是，经此重创，李克用已经元气大伤。后来的几年里，他只能收缩战线，休养生息，再不敢轻易跟朱全忠直接交锋，更无力与他逐鹿天下了。
据有河中之后，朱全忠向北遏制河东，向南威胁关中，势力空前壮大，天下已经无人可以匹敌。
走到这一步，朱全忠问鼎天下的野心便已昭然若揭了。接下来，他自然要把目光瞄向关中，瞄向长安，瞄向大明宫中那个目光忧郁、神情凄惶的天子李晔。与此同时，宰相崔胤与宦官韩全诲之间的斗争也已进入了白热化状态。
由于崔胤在朝中的势力不小，韩全诲等人担心斗不过他，便暗中联络李茂贞，准备把昭宗劫持到凤翔。而崔胤则料定宦官们必有这个打算，也赶忙致信朱全忠，宣称奉天子密诏，命他发兵入京保护天子。朱全忠本来就想把昭宗劫到洛阳，置于自己的掌控之中，见信后正中下怀，遂于这一年十月从大梁出兵，直驱长安。
十月十九日，韩全诲等人得知朱全忠已经出兵，立即率兵入宫，胁迫昭宗随他们西走凤翔。昭宗悲怆莫名，秘赐手札于崔胤，最后一句说：“我为宗社大计，势须西行，卿等但东行也。惆怅！惆怅！”（《资治通鉴》二六二）
天复元年十一月初四，韩全诲陈兵殿前，对昭宗说：“朱全忠大军迫近京师，打算劫持陛下到洛阳，企图篡位，我们请陛下驾临凤翔，集结勤王之师共同抵御。”昭宗说什么也不肯走，韩全诲便命人纵火焚烧宫室。昭宗万般无奈，只得和皇后、嫔妃、诸王共计一百多人，一步一回头地登上了离京的马车。
那一天，天子泪流满面。所有同行的人也全都放声恸哭。
走出宫门很远之后，天子李晔忍不住又回头看了一眼——熊熊烈火正在疯狂燃烧，把大明宫的上空映照得一片通红。
那一刻，李晔觉得有另一场烈火正在自己的灵魂深处燃烧。
许多东西，已经在这场无形的大火中灰飞烟灭。诸如勇气、豪情、梦想，诸如信心、希望、使命感……所有这一切，全部都化成缕缕青烟，在冬日的寒风中飘散。
朱全忠大军自河中入关后，先是进逼华州，迫降了韩建，继而攻打邠州，逼降静难节度使李继徽，如入无人之境。
得到消息后，李茂贞与韩全诲震恐，赶紧假传天子诏命，急召李克用入关。李克用随即发兵袭击朱全忠的后方。朱全忠匆忙回镇河中。
天复二年（公元902年）四月，崔胤前往河中，泣请朱全忠讨伐李茂贞，救出天子。五月，朱全忠发精兵五万，再次入关，进击凤翔。六月初十，李茂贞出兵与朱全忠在虢县北面展开激战，结果李茂贞大败，被杀一万余人。十三日，朱全忠进围凤翔。
从这一年六月到十一月，李茂贞下辖的其他州县相继被朱全忠占领，凤翔就此变成一座孤城。那些日子，朱全忠的士兵天天在凤翔城下击鼓叫嚣，骂守城的人是“劫天子贼”，而城上的凤翔士兵则骂攻城的人是“夺天子贼”。
凤翔受困日久，粮食耗尽，加上这一年冬天天气奇寒，城中饿死冻馁的人不计其数。往往是一个人刚刚倒地，还没咽气，身上的肉就被人剐了去了。市场上公开出售人肉，每斤叫价一百钱，狗肉则叫价五百钱。日子一长，就连李茂贞本人的积蓄也全部耗尽。而昭宗李晔则只能拿着他和小皇子的衣服到市场上变卖，以换取一点可怜的粮食。公主和嫔妃们更是天天喝稀饭，不仅有上顿没下顿，而且就连这最后一点粮食也即将告罄……
天复三年（公元903年）正月，李茂贞再也无力支撑，只好斩杀韩全诲、张彦弘等宦官，向朱全忠投降，同时放归天子。朱全忠入城后，将所有宦官全部屠灭，前后共杀七十二人；此外，又秘密派人搜捕京畿附近所有已经辞官归隐的宦官，又杀了九十人。
正月二十七日，昭宗回到长安。这是他第三次流亡后的王者归来。昭宗在心中暗暗祈祷，希望这是最后一次。
然而，令人遗憾的是——这并不是最后一次。
一年之后，昭宗还将第四次被迫离开长安，踏上流亡之路。并且这一次，他再也没有回来。
昭宗回京后，崔胤当即上奏，要求将宦官斩尽杀绝。昭宗同意了。正月二十八日这天，朱全忠在大明宫中展开了一场大屠杀，一日之间杀了数百名宦官，喊冤哀号之声响彻宫廷内外。随后，那些奉命出使各藩镇的监军，也纷纷被就地捕杀。
大屠杀过后，皇宫中只留下三十个年纪幼小的小黄门，以供洒扫。
不久，左右神策军并入六军，全部交由宰相崔胤统领。
宦官时代就此终结。
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